工事中に、玄関ドアや室内のドアを引き戸に変更しました。完了検査時に、指摘されるのでしょうか?

この場合は、「軽微な変更届」を提出する必要があります。
または、完了検査申請時に軽微な変更内容を添付でも構いません。

軽微な変更の範囲は定められています。(施行規則第3条2)
木造住宅で関係してくるものを挙げると、

・ 道路の幅や、敷地と接する長さが大きくなる。
・ 敷地面積が大きくなる。
・ 建物の高さが低くなる。
・ 建築面積、床面積が減る。
・ 内部建具の変更。
・ 間仕切り壁の軽微な変更。 等々

建ぺい率や容積率、高さ等が大きくならない(集団規定上安全側に動く)変更や、明らかに基準法上不都合のないものは、軽微な変更として取り扱われます。

逆に言うと、上記の反対になる変更は、計画変更確認申請となる場合があります。